A côté des budgets de base des organismes de recherche publics, le Fonds National de la Recherche (FNR) est la source de financement principale pour des projets de recherche scientifique au Luxembourg.

Destiné à renforcer la capacité et la compétitivité de la recherche luxembourgeoise, le FNR a mis en place plusieurs programmes de recherche:

• CORE, qui couvre plusieurs domaines thématiques, reconnus comme étant prioritaires au monde de la recherche publique au Luxembourg. Son objectif principal est de stimuler et d’encourager la recherche dans ces domaines essentiels pour l’économie, la société et l’environnement du Luxembourg.
• OPEN, destiné à fournir des financements à des projets qui ne correspondent pas aux domaines couverts par le programme thématique CORE.
• INTER, qui vise à promouvoir et à faciliter la coopération internationale dans le domaine de la recherche.
• ATTRACT, dont l’objectif est d’attirer de jeunes chercheurs prometteurs au Luxembourg. Le programme cible des chercheurs qui ne sont pas encore établis au Luxembourg, en leur donnant l’opportunité de constituer une équipe de recherche indépendante dans une institution de recherche publique au Luxembourg.
• PEARL encourage les institutions de recherche publiques à attirer des chercheurs expérimentés de renommée internationale au Luxembourg.

A côté de ces programmes de recherche, le FNR gère plusieurs régimes d’aides:

• Aides à la formation-recherche (AFR), destinées à soutenir des projets de formation-recherche de doctorants et post-doctorants au Luxembourg et à l’étranger.
• Aides financières à la communication pour la recherche (RESCOM), qui accordent un soutien financier aux conférences scientifiques, workshops exploratoires, séries de conférences, écoles d'été et monographies scientifiques.
• Aides financières à la promotion des sciences auprès du public (PSP), soutenant des projets qui stimulent l'intérêt du public pour des sujets scientifiques ou qui font la promotion de la recherche menée au Luxembourg.
• Programme de mobilité INTER, qui a pour but de promouvoir les échanges scientifiques entre des groupes de recherche d’organismes de recherche luxembourgeois et des groupes de recherche étrangers afin de renforcer une recherche innovante, internationale et compétitive ainsi que l’échange de connaissances clé et de savoir-faire technologique.
• ERC Grant Support, qui accorde un soutien financier pour encourager la participation luxembourgeoise dans des Appels appels à propositions de projets lancés par le Conseil européen de la recherche (ERC).

Les organismes de recherche publics peuvent également se rattacher à ou gérer des pôles d’innovation.