A côté des budgets de base des organismes de recherche publics, le Fonds National de la Recherche (FNR) est la source de financement principale pour des projets de recherche scientifique au Luxembourg. 

Destiné à renforcer la capacité et la compétitivité de la recherche luxembourgeoise, le FNR a mis en place plusieurs programmes de recherche:

• CORE, destiné à soutenir plusieurs priorités de recherche thématiques
• INTER, qui vise à promouvoir la coopération internationale dans le domaine de la recherche
• ATTRACT, dont l’objectif est d’attirer de jeunes chercheurs prometteurs au Luxembourg
• PEARL, visant à attirer des chercheurs expérimentés de renommée internationale au Luxembourg

A côté de ces programmes de recherche, le FNR gère plusieurs régimes d’aides:

• Aides à la formation-recherche (AFR), un régime pour soutenir les doctorants et post-doctorants
• Mesures d’accompagnement, qui accordent un soutien financier à un nombre d’initiatives relevant du domaine de la recherche: promotion de la culture scientifique, formation et mobilité des chercheurs, organisation de conférences scientifiques, publications scientifiques.
• ERC Grant Support, soutenant des projets de recherche de qualité pour le Conseil européen de la recherche

Les organismes de recherche publics peuvent également se rattacher à ou gérer des pôles d’innovation.